2016년 10월 15일 토요일

R 설치

# yum -y install libpng libpng-devel libtiff libtiff-devel libjpeg-turbo libjpeg-turbo-devel readline-devel bzip2-devel libcurl-devel cairo-devel

# cd /BiO/src
# wget http://cran.nexr.com/src/base/R-3/R-3.3.0.tar.gz
# tar zxvfp R-3.3.0.tar.gz
# cd R-3.3.0/
# ./configure --prefix=/BiO/R-3.3.0 --enable-R-shlib --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff --with-x
# make && make install
# /BiO/R-3.3.0/bin/R
> capabilities()
       jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
       TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE       FALSE 
   http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
       TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
        NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
       TRUE       FALSE       FALSE       FALSE        TRUE        TRUE 



※ 클러스터 시스템에서 아래과 같은 에러가 발생 시 해결 방안
: unable to start device PNG

=>
master# vi test.r
#!/BiO/R-3.3.0/bin/Rscript
options(bitmapType="cairo")
....
....
....
dev.off()

# /BiO/R-3.3.0/bin/Rscript test.r

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